Le microbiote intestinal (souvent nommé simplement « microbiote ») est un tissu de bactéries qui revêt notre intestin en influençant par ce biais notre cerveau.
Le cerveau et l’intestin sont intimement liés l’un à l’autre par le nerf vague.
Le microbiote intestinal joue un rôle important dans la synthèse et l’absorption de nutriments essentiels pour notre cerveau (comme des acides gras, des vitamines, certains acides aminés), à l’établissement et au maintien du système immunitaire. Le système immunitaire protège notre santé mentale en protégeant notre cerveau de la neuro-inflammation et du stress oxydatif responsables du déclin cognitif et de la diminution des stocks de sérotonine, un neurotransmetteur impliqué dans le stress, l’anxiété, la dépression, le comportement alimentaire, l’agressivité, l’impulsivité et le sommeil. 
Une expérience des plus frappantes est sûrement celle menée par des chercheurs sur les souriceaux nés sans microbiote, qui développent des problèmes d’apprentissage, de neurodéveloppement, des déficiences immunitaires et du métabolisme énergétique.

Notre microbiote est un organe vivant logé dans notre intestin, il nous aide chaque jour, prenons-en soin.

Chaque microbiote est différent. Les probiotiques vont donc avoir des effets potentiellement différents selon le microbiote en place, mais également selon les facteurs qui influencent le microbiote. Il est important de prendre en compte et éventuellement, lorsque c’est possible, de modifier ces facteurs pour améliorer l’efficacité potentielle d’un probiotique.

Quels sont ces facteurs ?
Une alimentation anti-inflammatoire, pauvre en produits ultra-transformés, sucres ajoutés cachés et graisses saturées favorise la croissance des bactéries qui nous protègent.
L’activité physique et la lutte contre la sédentarité (diminution du temps passé debout ou en mouvement) peut améliorer la diversité et la stabilité du microbiote intestinal.
Réduire le stress chronique peut améliorer l'équilibre du microbiote.
La consommation d'alcool et de tabac peuvent affecter négativement la composition du microbiote intestinal.
Certaines infections et maladies chroniques comme la gastro-entérite et des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), les maladies métaboliques (diabète, obésité…) peuvent déséquilibrer le microbiote.
Les antibiotiques, administrés et de façon excessive ou répétée, peuvent perturber l'équilibre du microbiote en éliminant à la fois les bactéries nuisibles et bénéfiques. Attention, les antibiotiques sont importants dans certaines situations, il est recommandé de suivre l'avis de votre médecin.
Bien que l'hygiène soit importante, un excès d’hygiène peut réduire l'exposition aux micro-organismes nécessaires à un microbiote sain.
L'exposition à divers contaminants polluants et toxiques dans l'air et l'eau et certains médicaments peuvent influencer l'état de notre microbiote intestinal.

De nombreux essais contrôlés randomisés contre placebo testant des probiotiques en santé mentale ont été publiés au cours des vingt dernières années. Parmi les résultats les plus saillants, on peut citer : 
- 3 espèces ont montré une efficacité dans la dépression : Lacticaseibacillus rhamnosus (deux essais), Lacticaseibacillus casei (deux essais), Streptococcus thermophilus (un essai) (Liu et al. 2019)
- 1 espèce a montré une efficacité dans l'anxiété : Lacticaseibacillus casei, deux essais (Zhao et al. 2023)
- 2 espèces ont montré une efficacité dans le stress : Lacticaseibacillus rhamnosus, Streptococcus thermophilus : un essai (Zhang et al. 2020)
- 4 espèces ont montré une efficacité sur la cognition : Lactiplantibacillus plantarum, Bifidobacterium animalis lactis, Streptococcus thermophilus, Lacticaseibacillus paracasei : un essai (He et al. 2023)
- 6 espèces ont montré une efficacité sur la cognition du sujet âgé : Streptococcus thermophilus (deux essais), Lactiplantibacillus plantarum, Lacticaseibacillus rhamnosus, Lactococcus lactis, Bifidobacterium animalis lactis, Lacticaseibacillus paracasei (un essai) (Kou et al. 2023)
- 1 espèce a montré une efficacité dans le syndrome de l’intestin irritable Lactiplantibacillus plantarum (Seddik et al. 2017)
- 2 espèces ont montré une efficacité dans la gestion du poids, le poids influençant la santé mentale (Lactiplantibacillus plantarum et Lactobacillus gasseri) (Million et al. 2012)
- 3 espèces ont montré une efficacité contre le stress oxydatif responsable du vieillissement accéléré du cerveau (Lactiplantibacillus plantarum, Streptococcus thermophilus et Lacticaseibacillus casei) (St-Amant et Bergdahl 2023)
- 1 espèce a montré une efficacité sur l’amélioration du métabolisme du tryptophane (Lactiplantibacillus plantarum) (Purton et al. 2021)

La sérotonine est impliquée dans la régulation de l'humeur, du sommeil, de l'appétit, de l'impulsivité et de l'agressivité.
Une étude conjointe entre l’Institut Pasteur, le CNRS et l’Inserm démontre que l’on peut rendre des souris dépressives en leur transférant le microbiote de souris dépressives.
Par quel mécanisme ?
La souris dépressive a été soumise à un stress chronique, conduisant à l’altération de son microbiote intestinal. Les bactéries de son intestin ne synthétisent alors plus correctement le tryptophane, précurseur nécessaire à la synthèse de sérotonine, rendant ainsi inefficace un antidépresseur comme la fluoxétine (Prozac).
Certaines souches de Lactiplantibacillus plantarum, Lactococcus lactis et Streptococcus thermophilus possèdent le support génétique suffisant pour synthétiser du tryptophane.

Des experts en recherche fondamentale développent actuellement des souches possédant des propriétés innovantes sur bases d’études in-silico, in-vitro et in-vivo. Parmi elles, certaines possèdent le support génétique suffisant pour influencer l’axe intestin-cerveau via la synthèse:
- du tryptophane, précurseur indispensable de la sérotonine impliquée dans la régulation de l'humeur, du sommeil, de l'appétit, de l'impulsivité et de l'agressivité 
‍- de l'acide gamma-amino-butyrique (GABA) impliqué dans le calme et la relaxation
‍- des folates, qui contribuent à des fonctions psychologiques normales et à un métabolisme énergétique normal
‍- du butyrate, un acide gras à courte chaine dont les fonctions pour la santé sont multiples 

La souche Bifidobacterium animalis lactis a montré pouvoir faire baisser des molécules impliquées dans la neuroinflammation in vitro et in vivo (IL-1 beta, IL-6 et IL-12, Tumor Necrosis Factor : TNF-alpha) et augmenter un extincteur de l'inflammation (IL-10) (Hrdý et al. 2020).

La dose totale et la dose de chaque souche contenue dans un probiotique sont des éléments clés de l’efficacité. 

La dernière méta-analyse en parapluie publiée en 2023 stipule que les probiotiques dosés à plus de 10 milliards d’UFC sont plus efficaces sur la dépression que ceux dosés à moins de 10 milliards, et qu’une consommation pendant plus de 8 semaines est plus efficace qu’une consommation pendant moins de 8 semaines(Musazadeh et al. 2023). 

Une revue systématique publiée en 2023 (Al-Jubori et al. 2023) a identifié 29 essais contrôlés randomisés montrant l’influence positive de la fibre d’acacia sur le microbiote et l’inflammation. 

Plusieurs espèces du genre Acacia pourraient augmenter la proportion de « bonnes bactéries » intestinales (Bifidobacterium et Lactobacillus) et réduire la population de bactéries nocives (Escherichia coli et Clostridium). Les activités d'Acacia au niveau intestinal contribuent à l'amélioration de la fonction de la barrière intestinale, ce qui empêcherait la translocation des endotoxines de l'intestin vers le sang (Saha et Dey 2024).

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